近年来，随着经济的快速发展和医疗体制的深化改革，国家逐步开放医疗市场，允许具备一定资质的单位和个人从事医疗卫生服务业，使医疗事业得到较大的发展，特别是个体从事医疗业的现象日益增多，各类诊所、保健所、疗养院、医疗服务中心等医疗服务机构层出不穷。目前，对医疗机构的税收征管普遍存在着重视不够，税源不清，疏于管理的现象，造成税收征管漏洞。据了解，2003年，吴川来自医疗机构的税收收入只有26 万元，其中营利性医疗机构税收6万元，税收收入比例相当少。

    造成税收征管漏洞的主要原因有：一是对医疗机构税收政策认识不足。无论是税务人员还是医疗机构从业人员都普遍存在着医疗机构属国家免税单位，无应征税收的错误认识，税务人员管理不到位，医疗机构主动纳税的意识又不强，无主动申报纳税。如在我们吴川市已向卫生部门办理注册登记的医疗机构共有371户，其中营利性94户，非营利性277户，而在营利性的94户当中，仅有67户办理税务登记，占七成多一点，尚有27户未办理税务登记，占近三成。未办理税务登记的未纳入税务管理，而办理了税务登记的医疗机构纳税意识也不强，给税收工作带来很大的困难，一定程度地造成税款流失。二是应税医疗服务与非税医疗服务划分标准不够规范，随意性大。国家税收政策规定注册为营利性医疗机构的医疗服务是应税的，非营利性医疗机构的医疗服务是免税的。而政策又规定现有医疗机构性质的划分遵照自愿选择和政府核定相结合的原则，正是由于存在着税与非税的划分，因而一些医疗机构钻了政策的空子，大部分医疗机构包括个体医生在申请注册登记时都申请注册登记为非营利性医疗机构，占了税收的便宜。如全市注册的371户中就有277户注册为非营利性，占了七成五。属营利性医疗机构均为个体医生，经营规模都不大，应纳税款也不是很多，而有不少单位办的医疗机构如民政局办的济民医院、市残联办的康复医院，以及医院中向外承包的所谓“专科门诊”却赚了大钱，但它们却属非营利性医疗机构，无法对其征收有关税收，只对部分高收入个人征收个人所得税，税收收入总量是很少的。三是发票使用情况很不理想。税法规定，取得应税收入均应填开税务发票，而在医疗机构领用税务发票方面为零，包括营利性、非营利性医疗机构都不在税务部门领用发票使用。一些营利性医疗机构取得的服务收入采用填开收据形式，有的甚至连收据也不填开，税务部门无法掌握其实际收入，无法对其实得行税务管理。

    在对医疗机构的税收征管中，我们认为应从以下几个方面着手：一是加强政策引导，弄清医疗机构中哪些是应税和非税范围。在非营利性医疗机构中，并不是所有的业务是免税的，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。对营利性医疗机构自用房产、土地、车船并不是长期免征其房产税、土地使用税和车船使用税，而是有一定的免税期的，过了免税期限应当恢复征税。对于这些政策，我们税务人中员首先要熟悉掌握，并要把这些政策宣传到位，提起重视。二是要加强部门合作。税务部门应加强与卫生管理部门联系，及时主动向卫生管理部门了解医疗机构执业许可证办理情况、变更情况，弄清哪些是应税和非税医疗服务收入，以便加强税务管理。三是营利性与非营利性医疗机构的划分要统一、规范。政策规定，城镇个体诊所、股份制、股份合作制和中外合作医疗机构一般定性为营利性医疗机构。而实际上大部分个体医生挂了非营利性的牌子，而从事营利性医疗服务收入。因而建议：凡纳入财政预算管理包括全额和差额管理的医疗机构划分为非营利性医疗机构，其余为营利性，以加强税收征管，利用税收调节分配不公。四是加大税务稽查力度。对非营利性医疗机构不仅要加强其个人所得税的检查，还要检查其有无其他应税项目收入，同时要加强对哪些“专科门诊”的专家、主治医生等高收入个人的纳税检查。对营利性医疗机构也要加强其检查，督促其加强财务管理，规范其使用发票行为，逐步把医疗机构税收引入正轨，增加税收收入。